Zajęcia wychowania fizycznego oraz zajęcia pozalekcyjne prowadzone są w części sportowej szkoły obejmującej główną halę sportową i dwie mniejsze sale gimnastyczne. Dodatkowo wykorzystywane są m.in. duże boisko i dwa kryte boiska do piłki nożnej, dwa boiska wielofunkcyjne, boisko ziemne oraz bieżnia i skocznia w dal.
Zespół przedmiotowy nauczycieli wychowania fizycznego w Zespole Szkolno-Przedszkolnym nr 3 w Gdyni liczy obecnie 14 osób.
Specjalizacje trenerskie i instruktorskie nauczycieli to m.in.: piłka nożna, koszykówka, piłka ręczna, piłka siatkowa, unihokej, pływanie, gimnastyka, tenis ziemny, windsurfing.
Skład zespołu nauczycieli WF oraz zaplecze sportowe pozwalają na sprawną realizację podstaw programowych, a także skuteczną motywację uczniów do podejmowania aktywności ruchowej.
Praca z młodzieżą uzdolnioną sportowo w ramach zajęć pozalekcyjnych wpływa na osiąganie znaczących sukcesów sportowych, również na poziomach miejskim, wojewódzkim i krajowym.